Jours de vacances pendant un arrêt maladie : ce que dit le droit suisse

Un salarié malade depuis six mois : ses vacances courent-elles encore ?

La question revient régulièrement dans les PME romandes dès qu'un arrêt maladie dépasse quelques semaines : faut-il continuer à créditer des jours de vacances à un collaborateur incapable de travailler ? Et si oui, que se passe-t-il lorsqu'il reprend le travail avec un solde positif accumulé pendant l'absence ? Le Code des obligations (CO) et la jurisprudence du Tribunal fédéral répondent clairement, mais à rebours de l'intuition de nombreux employeurs.

Le cadre légal : acquisition des vacances pendant l'incapacité de travail

Le principe : les vacances s'acquièrent indépendamment de la présence

L'art. 329a CO fixe le droit aux vacances en fonction de l'année de service et non des jours effectivement travaillés. L'art. 329b CO prévoit certes une réduction proportionnelle du droit aux vacances en cas d'absence non fautive de l'employé. Toutefois, cette réduction n'est possible qu'à partir d'un certain seuil d'absence, et uniquement pour les absences qui dépassent ce seuil. Le texte légal cite expressément la maladie et l'accident comme causes d'absence donnant droit à réduction, mais seulement au-delà du premier mois complet d'absence par année civile (art. 329b al. 2 CO). Autrement dit, le premier mois complet d'incapacité de travail par an ne justifie aucune réduction ; au-delà, l'employeur peut réduire le droit aux vacances d'un douzième par mois complet d'absence supplémentaire.

Un point fondamental que beaucoup d'employeurs ignorent : la réduction n'est pas automatique. Elle doit être décidée et appliquée activement par l'employeur. Si l'employeur n'effectue pas la réduction, le collaborateur conserve l'intégralité de son droit aux vacances, même après douze mois d'absence.

La jurisprudence du Tribunal fédéral

Le Tribunal fédéral a confirmé à plusieurs reprises que l'incapacité de travail pour raison de santé ne supprime pas le droit aux vacances (ATF 136 III 283 notamment). Cette position s'aligne sur la directive européenne de 2003 relative au temps de travail, que le TF cite comme élément d'interprétation, sans que la Suisse soit formellement liée. La jurisprudence fédérale retient que les vacances ont une double fonction : permettre le repos et favoriser la récupération physique et psychologique. Un salarié malade ne peut pas pleinement bénéficier de ses vacances pendant son incapacité ; il conserve donc son droit à les prendre après sa guérison.

Conséquence directe pour la PME : un collaborateur en arrêt maladie de sept mois qui reprend le travail peut revendiquer ses vacances légales, sous déduction du premier mois non réduit et des mois réductibles si l'employeur a effectivement décidé d'appliquer la réduction. Si l'employeur n'a rien fait, le solde complet lui est dû.

Interaction avec la Loi sur le travail (LTr)

La LTr et ses ordonnances (OLT 1, OLT 2) posent des règles sur la durée minimale de travail et les temps de repos, mais elles ne modifient pas le régime CO des vacances en cas de maladie. Les travailleurs soumis à la LTr (la grande majorité des salariés du secteur privé) restent entièrement régis par le CO pour le décompte des vacances pendant un arrêt.

Réduction du droit aux vacances : mode d'emploi concret

Calculer les mois complets d'absence

Seuls les mois complets d'absence comptent pour la réduction. Un arrêt débutant le 15 janvier et se terminant le 10 mars représente un mois complet (février), pas deux. L'employeur doit comptabiliser les absences sur l'année civile ou l'année de service selon ce que prévoit le contrat de travail. Si le contrat est muet, l'année civile s'applique par défaut.

La réduction est d'un douzième du droit annuel par mois complet dépassant le premier mois non réduit. Pour un employé disposant de cinq semaines de vacances par an, un douzième représente environ deux à trois jours. Sur six mois d'absence totale, soit cinq mois réductibles, la réduction potentielle atteint dix à quinze jours. Cela peut représenter l'intégralité du reliquat annuel.

Moment et forme de la décision de réduction

L'employeur doit décider de réduire les vacances et en informer le collaborateur. Aucune forme particulière n'est imposée par le CO, mais une communication écrite est fortement recommandée pour des raisons probatoires. La décision peut être prise en cours d'arrêt maladie ou lors de la reprise du travail, avant que l'employé prenne ses vacances. Si l'employé a déjà pris ses vacances (par exemple pendant un arrêt maladie partiel ou après une reprise partielle), la réduction s'applique sur le solde restant ou génère une créance de l'employeur.

Report des vacances non prises et prescription

Les vacances non prises en raison de la maladie se reportent à l'année suivante. La prescription des créances de vacances est régie par l'art. 128 CO : le délai est de cinq ans. Un collaborateur de longue date qui accumule des soldes de vacances pendant plusieurs années d'arrêt peut donc revendiquer un solde substantiel lors de la résiliation du contrat, si l'employeur n'a pas appliqué les réductions auxquelles il avait droit.

Situations particulières et pièges fréquents

Arrêt maladie pendant les vacances déjà planifiées

Si un collaborateur tombe malade pendant ses vacances, les jours d'incapacité médicalement attestés ne sont pas décomptés comme vacances. Ils doivent être restitués (ATF 128 III 271). L'employeur peut exiger un certificat médical couvrant la période concernée. Cette règle s'applique même si l'arrêt survient à l'étranger. Sans certificat médical, l'employeur n'est pas tenu de restituer les jours.

Résiliation pendant un arrêt maladie

La résiliation du contrat pendant une période de protection (art. 336c CO) est nulle et non avenue. À la fin du contrat, les vacances non prises doivent être compensées en espèces. L'employeur calcule alors le solde en tenant compte des réductions qu'il a effectivement décidées. Un solde non réduit faute de décision formelle est entièrement dû, même si l'employeur considérait rétrospectivement avoir le droit de réduire.

Conventions collectives de travail (CCT)

Certaines CCT applicables en Suisse romande prévoient des règles plus favorables que le CO (délais de réduction plus longs, droit aux vacances maintenu intégralement pendant une durée définie). Les secteurs de la construction, de l'hôtellerie-restauration et du commerce de détail disposent de CCT à vérifier systématiquement. En cas de conflit entre CO et CCT, la disposition la plus favorable au travailleur l'emporte (principe du favor laboris).

Arrêt maladie de cause professionnelle

Si l'incapacité est due à une maladie professionnelle ou à un accident professionnel, la Loi fédérale sur l'assurance-accidents (LAA) prend en charge les indemnités journalières. Cela ne modifie pas le régime CO des vacances, mais l'employeur doit s'assurer que les jours d'absence déclarés à la SUVA sont correctement documentés pour servir de base au calcul de la réduction éventuelle.

Procédure administrative recommandée pour l'employeur

1. Dès le premier jour d'arrêt : exiger un certificat médical (selon les modalités prévues au contrat ou au règlement interne) et l'enregistrer dans le dossier du collaborateur avec la date de réception.
2. À la fin du premier mois complet d'absence : ouvrir le décompte des mois réductibles. Ne pas attendre la reprise du travail.
3. Chaque mois complet supplémentaire : noter formellement le mois écoulé et la réduction correspondante dans le dossier RH.
4. Avant la reprise du travail : remettre au collaborateur un décompte écrit indiquant le solde de vacances après réduction. Lui faire signer un accusé de réception ou conserver la preuve d'envoi.
5. Lors de la planification des vacances : fixer les dates de vacances en accord avec le collaborateur, en respectant l'art. 329c CO (minimum deux semaines consécutives pour les salariés disposant de quatre semaines ou plus de vacances légales).
6. En cas de résiliation pendant ou après l'arrêt : calculer le solde de vacances à compenser en espèces sur la base du salaire brut journalier, avec un décompte écrit annexé au certificat de travail et au décompte final de salaire.
7. Vérifier la CCT applicable avant tout calcul, en particulier dans les secteurs du bâtiment, de la restauration, du nettoyage et du commerce.

Cas pratique

Situation : Sandrine Meylan, responsable administrative dans une PME vaudoise de 18 collaborateurs (secteur conseil), est en arrêt maladie total du 10.02.2024 au 30.09.2024, soit environ sept mois et demi. Son contrat prévoit cinq semaines de vacances par an. Aucune CCT n'est applicable. L'employeur, Marc Dubois, souhaite calculer le solde de vacances auquel Sandrine a droit à sa reprise le 01.10.2024.

Calcul des mois complets d'absence : L'arrêt débute le 10 février. Le premier mois complet est mars 2024. Les mois complets suivants sont avril, mai, juin, juillet, août et septembre : six mois complets au total. Le premier mois complet (mars) est exempté de réduction selon l'art. 329b al. 2 CO. Les cinq mois restants (avril à août, soit cinq mois complets supplémentaires, septembre étant le mois de reprise partielle en fin de période) sont réductibles. Marc doit vérifier précisément : septembre compte-t-il comme mois complet ? Sandrine reprend le 01.10, donc septembre est complet. Réductibles : cinq mois (avril à août). Septembre est le sixième mois complet, donc réductible également : six mois complets dont cinq réductibles (mars exempté, avril-septembre réductibles soit cinq mois).

Correction du décompte : mois complets d'absence identifiés (mars, avril, mai, juin, juillet, août, septembre) soit sept mois complets. Premier mois exempté (mars). Mois réductibles : six (avril, mai, juin, juillet, août, septembre).

Droit initial : cinq semaines, soit 25 jours ouvrables (cinq jours par semaine).
Réduction par mois réductible : 25 / 12 ≈ 2,08 jours.
Réduction totale (6 mois) : 6 × 2,08 ≈ 12,5 jours, arrondi selon l'usage à 12 ou 13 jours (l'arrondi doit avantager le travailleur en cas de doute, soit 12 jours de réduction).
Solde après réduction : 25 − 12 = 13 jours.
Vacances déjà prises en janvier 2024 (avant l'arrêt) : 3 jours.
Solde disponible à la reprise : 13 − 3 = 10 jours ouvrables.

Marc remet à Sandrine un décompte écrit le 01.10.2024 indiquant ce solde de 10 jours, valable jusqu'au 31.12.2024 (fin d'année civile). Si Sandrine ne peut pas les prendre avant la fin de l'année pour des raisons médicales ou organisationnelles, les jours se reportent à 2025 avec un délai de prescription de cinq ans.

Si Marc avait omis de décider formellement la réduction, Sandrine aurait conservé 22 jours de solde (25 − 3), ce qui représente environ 4,4 semaines de vacances à prendre ou à compenser à la résiliation, pour un coût salarial significatif sur un poste à temps plein.

Récapitulatif opérationnel

• Vérifier systématiquement si une CCT s'applique avant tout calcul : elle peut modifier les seuils et les règles de réduction.
• Ne pas confondre mois calendaires et mois complets d'absence : seuls les mois entièrement couverts par l'arrêt comptent.
• Appliquer la réduction formellement et par écrit, ne pas attendre que l'employé la conteste à la reprise ou à la résiliation.
• Restituer les jours de vacances gâchés par une maladie survenue pendant les vacances, sur présentation d'un certificat médical couvrant la période concernée.
• Conserver dans le dossier RH tous les certificats médicaux datés, les décisions de réduction et les décomptes de vacances signés ou envoyés en recommandé.
• En cas de résiliation du contrat, calculer et payer le solde de vacances non prises dans le décompte final de salaire, indépendamment du motif de résiliation.
• Reporter les vacances non prises pour raison de santé à l'année suivante et rappeler au collaborateur le délai de prescription de cinq ans (art. 128 CO).
• Pour les absences dues à un accident professionnel ou une maladie professionnelle, coordonner avec le gestionnaire SUVA pour aligner les décomptes d'indemnités journalières et les dates d'absence.

Un outil de gestion RH comme SynHR permet d'automatiser le suivi des soldes de vacances et des périodes d'absence, réduisant le risque d'erreur de calcul lors de la reprise ou de la résiliation.

Sources

• Code des obligations (CO), art. 329a à 329d, texte consolidé sur Fedlex : droit aux vacances, réduction, prescription.
• Loi sur le travail (LTr), texte consolidé sur Fedlex : cadre général du temps de travail et des repos.
• Secrétariat d'État à l'économie (SECO), informations pratiques sur les conditions de travail, les vacances et les absences pour maladie.
• ch.ch, portail officiel suisse : fiches pratiques sur les droits des travailleurs en cas de maladie et d'absence prolongée.
• Loi fédérale sur l'assurance-accidents (LAA), texte consolidé sur Fedlex : indemnités journalières et coordination avec les absences maladie professionnelle.