Maladie longue durée : APG, assurance perte de gain et obligations employeur

Un collaborateur absent depuis trois mois : qui paie, jusqu'à quand, et comment ?

Une absence maladie qui dépasse quelques semaines met rapidement à l'épreuve la gestion RH d'une PME. L'employeur doit couvrir le salaire pendant une période légale minimale, puis s'appuyer sur une assurance perte de gain maladie (APGM) s'il en a souscrit une — faute de quoi il reste seul exposé. Le droit du travail suisse fixe des obligations précises, les assureurs privés imposent leurs propres délais de carence, et la confusion entre APG maternité (régime légal) et APG maladie (régime facultatif) génère des erreurs coûteuses.

Obligation légale de maintien du salaire : l'échelle de Berne et ses variantes

L'art. 324a CO oblige l'employeur à verser le salaire pendant une durée limitée en cas d'empêchement non fautif du travailleur — dont la maladie. La durée varie selon l'ancienneté dans l'entreprise. Trois échelles cantonales coexistent en Suisse romande :

• Échelle bernoise (applicable notamment à Berne, Fribourg, Vaud) : 3 semaines la 1re année, puis 1 mois dès la 2e année, 2 mois dès la 5e, 3 mois dès la 10e, 4 mois dès la 15e.
• Échelle bâloise : légèrement plus favorable à l'employé, souvent retenue dans les CCT.
• Échelle genevoise : Genève suit globalement l'échelle bernoise, mais certaines CCT sectorielles (bâtiment, hôtellerie) y dérogent vers le haut.

Ces durées sont des minimums légaux impératifs. Une CCT ou un contrat individuel peut prévoir mieux — jamais moins. Le salaire dû pendant cette période est le salaire brut ordinaire, y compris les éléments habituels (prime de fonction, part variable si elle est régulière), à l'exclusion des remboursements de frais.

Le salaire à 100 % ou à 80 % ?

L'art. 324a al. 2 CO précise que l'employeur est libéré de l'obligation de verser 100 % du salaire s'il a souscrit une assurance collective couvrant au moins 80 % du salaire pendant 720 jours sur une période de 900 jours. C'est le mécanisme légal de délégation à l'assurance privée. Concrètement : si l'APGM collective prend en charge 80 % dès le 30e jour (après un délai de carence de 30 jours), l'employeur couvre les 30 premiers jours à 100 %, puis l'assurance paie 80 % pendant 690 jours supplémentaires — et l'employeur est légalement quitte. Toute solution avec une couverture inférieure (70 %, durée plus courte) laisse un découvert à la charge de l'entreprise.

L'assurance perte de gain maladie (APGM) : fonctionnement et paramètres clés

La LCA (loi sur le contrat d'assurance) régit les APGM collectives — à ne pas confondre avec la LAMal, qui couvre les soins, ni avec le régime APG légal géré par les caisses AVS (réservé aux militaires, maternité, paternité et adoption). Il n'existe pas de régime légal d'assurance perte de gain maladie en Suisse : l'APGM collective est facultative pour l'employeur — sauf si une CCT sectorielle l'impose.

Paramètres standards du marché romand

• Délai de carence : 30 jours (standard PME), parfois 60 ou 90 jours pour abaisser la prime.
• Durée de prestation : 720 ou 730 jours civils sur 900 jours (standard légal minimum pour libérer l'employeur).
• Taux d'indemnisation : 80 % du salaire assuré (seuil libératoire CO), parfois 90 % en cas de convention plus favorable.
• Salaire assuré : en général le salaire AVS déterminant, parfois plafonné contractuellement.
• Répartition des primes : souvent 50/50 employeur-employé, parfois 100 % à charge de l'employeur selon CCT.

Obligations de déclaration à l'assureur

L'employeur doit déclarer l'absence dans le délai contractuel — souvent 30 jours dès le premier jour d'arrêt, parfois dès le 3e jour. Un retard de déclaration peut entraîner un refus partiel de prestation. La déclaration exige : le certificat médical initial, la copie du contrat de travail, le salaire AVS des 12 derniers mois, et le formulaire de l'assureur. L'employeur reste ensuite tenu de transmettre chaque prolongation médicale dans les 5 jours ouvrables en général.

Gestion RH pendant l'absence : protection contre le licenciement et obligations de réintégration

L'art. 336c CO interdit de résilier le contrat de travail pendant une incapacité de travail due à la maladie :

• 30 jours pendant la 1re année de service.
• 90 jours de la 2e à la 5e année.
• 180 jours dès la 6e année.

Un congé donné pendant cette période est nul — pas simplement abusif, mais sans effet juridique. Si l'employeur résilie le contrat avant le début de l'incapacité, le délai de congé est suspendu pendant toute la durée de protection et ne recommence à courir qu'à la fin de celle-ci. Une erreur fréquente dans les PME : licencier un collaborateur malade en croyant que le délai de protection ne s'applique pas parce que la décision de résiliation a été prise avant l'arrêt médical. Le Tribunal fédéral est constant sur ce point : c'est la date de réception du congé qui est déterminante, pas la date de la décision interne.

Obligation de reclassement (duty to accommodate)

Depuis quelques années, la jurisprudence fédérale reconnaît une obligation implicite de rechercher un poste adapté avant de licencier un travailleur durablement inapte à son poste habituel. Cette obligation — non écrite dans le CO mais dégagée des art. 328 et 336 CO — s'applique surtout dans les entreprises de plus de 15-20 collaborateurs. Dans une PME de 8 personnes, l'absence d'un poste alternatif crédible est généralement reconnue comme justification suffisante.

Gestion des certificats médicaux et contrôle médical

L'employeur peut exiger un certificat médical dès le premier jour si le contrat ou le règlement interne le prévoit — à défaut, l'usage est de ne l'exiger qu'à partir du 3e jour. L'employeur peut désigner un médecin-conseil (ou mandater le médecin de l'assureur) pour une contre-expertise, mais ne peut pas forcer le salarié à se soumettre à un examen par le médecin de l'entreprise. La jurisprudence cantonale vaudoise a confirmé (arrêt CJCA 2021) que le refus d'un examen par un médecin-conseil de l'assureur peut, dans certains cas, entraîner la suspension des prestations — mais pas la rupture du contrat.

Coordination avec l'AI et fin de droit APGM

Lorsque l'incapacité de travail se prolonge au-delà de 6 à 12 mois, l'assurance-invalidité (AI) entre en jeu. L'employeur a intérêt à déclencher lui-même — ou à conseiller à l'employé — un dépôt de demande AI dès que l'incapacité dure plus de 30 jours consécutifs. La détection précoce (art. 3b LAI) permet d'activer les mesures de réadaptation (reclassement professionnel, mesures d'ordre professionnel) avant que la rente ne soit la seule issue.

L'APGM et l'AI se coordonnent : les prestations AI (indemnités journalières de réadaptation, puis rente) sont déduites des indemnités APGM pour éviter la surindemnisation. La rente AI standard correspond à 100 % d'invalidité si le taux d'incapacité est ≥ 70 %, à une rente partielle entre 40 % et 69 %, et aucune rente en dessous de 40 % (seuils modifiés par la réforme AVS 21 pour les rentes AI partielles en cours d'application). L'employeur doit informer son assureur APGM de tout dépôt AI pour permettre la coordination des prestations — la plupart des polices le prévoient comme condition de maintien des indemnités.

Cas pratique : Nadia, 4 ans d'ancienneté, burn-out, PME vaudoise de 22 personnes

Nadia Rochat, responsable marketing chez une PME vaudoise de 22 collaborateurs (secteur communication), est en arrêt maladie à 100 % depuis le 03.02.2025. Diagnostic : syndrome d'épuisement professionnel. Contrat à durée indéterminée, salaire mensuel brut : CHF 7 200.—. La PME a souscrit une APGM collective avec un délai de carence de 30 jours, une couverture à 80 % pendant 720 jours, et une prime partagée à 50/50.

Phase 1 — Jours 1 à 30 (délai de carence APGM)

L'employeur est seul débiteur du salaire. Avec 4 ans d'ancienneté, l'échelle bernoise prévoit 2 mois de maintien à 100 %. L'entreprise verse donc CHF 7 200.— brut pour février (prorata si arrêt en cours de mois) et CHF 7 200.— pour mars. Déclaration à l'assureur APGM : à effectuer dans les 30 jours dès le 03.02.2025, soit au plus tard le 05.03.2025. Documents à transmettre : certificat médical initial, contrat de travail, décompte de salaire AVS.

Phase 2 — Dès le 05.03.2025 : l'APGM prend le relais à 80 %

L'assureur verse directement à l'employeur (en cas de police avec clause de cession) ou à l'employée : CHF 7 200 × 80 % = CHF 5 760.— par mois. L'employeur, ayant satisfait au minimum légal de 2 mois à 100 % (art. 324a CO), n'est plus tenu de compléter jusqu'à 100 % — sauf si la CCT applicable le prévoit. Dans cet exemple, aucune CCT sectorielle contraignante : l'employeur peut s'arrêter à 80 %. Il choisit malgré tout de verser un complément de CHF 1 440.— (20 % restants) pendant les 2 premiers mois de couverture APGM, à titre de décision unilatérale.

Protection contre le licenciement

Nadia a 4 ans d'ancienneté (entre 2 et 5 ans) : la période de protection est de 90 jours. Elle court du 03.02.2025 au 03.05.2025. Aucun congé ne peut être notifié pendant cette fenêtre. Si l'employeur envisage une résiliation après le 03.05.2025, le délai de congé contractuel (3 mois, fin de mois) s'applique à partir de cette date, avec résiliation effective au 31.08.2025.

Déclenchement AI

À J+45 (mi-mars 2025), l'employeur signale à Nadia l'opportunité d'une détection précoce AI. Dépôt d'une demande auprès de l'Office AI vaudois (OAI). L'OAI mandate une expertise et propose des mesures de réadaptation professionnelle. L'APGM continue de courir pendant la réadaptation — les indemnités journalières AI en résultant sont déduites des indemnités APGM (clause de surindemnisation : plafond à 90 % du salaire assuré selon la police).

Récapitulatif opérationnel

1. Vérifier immédiatement la couverture APGM : délai de carence, taux d'indemnisation (80 % minimum), durée (720 jours minimum), et clause de surindemnisation. Toute lacune est à la charge de l'employeur.
2. Déclarer l'absence à l'assureur dans le délai contractuel (souvent 30 jours dès le 1er jour d'arrêt). Un retard peut entraîner un refus partiel de prestation.
3. Calculer la période de maintien légal du salaire selon l'ancienneté et l'échelle applicable (bernoise, genevoise, CCT). Ne pas confondre cette obligation avec la durée de couverture APGM.
4. Identifier la période de protection contre le licenciement (art. 336c CO) : 30/90/180 jours selon ancienneté. Ne notifier aucun congé pendant cette fenêtre.
5. Transmettre chaque prolongation médicale à l'assureur dans le délai prévu par la police (généralement 5 jours ouvrables).
6. Déclencher la procédure AI en cas d'absence > 30 jours : informer le collaborateur de la détection précoce, l'accompagner dans le dépôt de demande auprès de l'office AI cantonal.
7. Documenter toutes les communications avec le collaborateur, les certificats médicaux et les échanges avec l'assureur — en cas de litige ultérieur (résiliation, surindemnisation), la charge de la preuve incombe à l'employeur.
8. Vérifier si une CCT sectorielle impose des obligations supplémentaires (complément à 100 %, durée de couverture étendue, prise en charge à 100 % des primes) avant d'appliquer le strict minimum légal.
9. Examiner la possibilité d'un poste adapté avant toute résiliation pour inaptitude durable, surtout dans une structure de plus de 15 collaborateurs.
10. Utiliser un outil RH paramétré sur le droit suisse — un logiciel comme SynHR permet de suivre les délais de protection, les périodes de couverture et les alertes de déclaration sans calcul manuel.

Sources

• Code des obligations (CO) — fedlex.admin.ch — Texte consolidé, notamment art. 324a (maintien du salaire) et art. 336c (protection contre le licenciement en cas de maladie).
• Portail AVS-AI (avs-ai.ch) — Informations sur l'assurance-invalidité, la détection précoce et les indemnités journalières AI.
• Office fédéral des assurances sociales (OFAS) — bsv.admin.ch — Publications sur la coordination AI/APGM, réforme AVS 21 et rentes partielles.
• Secrétariat d'État à l'économie (SECO) — seco.admin.ch — Fiches pratiques sur les conditions de travail, la LTr et les obligations des employeurs en cas d'absence maladie.
• ch.ch — Maladie et accident au travail — Synthèse citoyenne des droits et démarches en cas d'incapacité de travail.